Jacob “Jake” Portman (Asa Butterfield) memiliki ikatan yang erat dengan kakeknya Abraham “Abe” Portman (Terence Stamp), sosok yang selalu membacakan dongeng sebelum tidur tentang sebuah rumah berisikan anak-anak yang memiliki kekuatan unik di bawah pimpinan wanita bernama Miss Alma LeFay Peregrine (Eva Green). Suatu ketika musibah menimpa Abe dan kemudian meninggalkan Jake dalam kondisi sepi serta terus dirundung mimpi buruk, dipaksa untuk bertemu psikiater bernama Dr. Golan (Allison Janney) untuk dapat mengatasi kesedihannya. Tapi suatu ketika berawal dari sebuah postcards rasa ingin tahu Jake terhadap kebenaran dari dongeng yang selalu Abe ceritakan itu menjadi besar, bersama sang ayah Franklin (Chris O’Dowd) dia kemudian menuju Wales berharap dapat menemukan rumah Miss Peregrine. Rumah itu masih ada namun telah hancur akibat bom dari tentara Jerman pada tanggal 3 September 1943. Di sana Jake bertemu dengan Emma (Ella Purnell), remaja aerokinetic yang dapat memanipulasi udara, dan setelah pertemuan itu berbagai hal aneh kemudian datang menghampiri Jake salah satunya terkait ruang dan waktu yang ia jalani. Bertemu dengan sosok yang ia cari serta teman baru yang unik dari Bronwyn (Pixies Davies), Olive (Lauren McCrostie), hingga Enoch (Finlay MacMillan), Jake kemudian belajar tentang time loops yang digunakan oleh para Ymbrynes untuk melindungi anak asuhnya dari makhluk menyerupai monster bernama Hollowgast atau The Hollows, kelompok yang di bawah pimpinan Mr. Barron (Samuel L. Jackson) sangat membutuhkan para peculiar children agar dapat memulihkan eksperimen mereka.
A teenager finds himself transported to an island where he must help protect a group of orphans with special powers from creatures intent on destroying them.
